mkv和mp4都是封装格式，相当于一个容器，里面包括视频、音轨、字幕等。
MKV格式的视频可封装多条音轨，TureHD音轨，DTS5.1音轨等，并且可以封装多条ASS SUP字幕到视频里成为内封字幕，也可以添加章节，插入视频封面也是很方便。
MP4只能封装一个视频一个音频，并且对音频编码有限制，视频编码丰富些，不能封装字幕。Mp4格式的视频既不能封装DTSM5.1格式及TureHD格式的音轨，也不能内封ASS及Srt SUP字幕，只能使用AAC或AC3及常用的音频编码。
MKV格式的影片可玩性高，可自由封装音轨字幕，但在移动设备的兼容性较差。
Mp4格式的硬盘兼容性强，无论是iso安卓还是其他平台，都能很好的解码。